Selain belajar ilmu ma’arif keislaman, para santri juga dibekali leadership dan managemen organisasi dibawah naungan PENSIL (Pemuda Nusantara Ilmiah), khusus organisasi santri ikhwan. Pemuda Nusantara Ilmiah didirikan di Jakarta pada tanggal 14 Maret 2012 dan berkedudukan di Pesantren Khatamun Nabiyyin.
Pemuda Nusantara Ilmiah berasaskan Islam dan bertujuan membina santri dan mahasantri aktif, kreatif, dan inovatif yang
berkualitas Qur’ani. Bersifat islami, nasional, kekeluargaan, dan independen serta memiliki jiwa patriotik yang tinggi. Beranggotakan organisasi santri dan mahasantri serta alumni dibawah naungan Pesantren Khatamun Nabiyyin, dibawah naungan asuhan Pimpinan pondok pesantren dan direktur khatam tarbawi.
Seperti pada umumnya, Pimpinan organisasi ini terdiri dari ketua umum, sekretaris umum, bendahara, ketua bidang masing-masing kelengkapan organisasi. Masa kepemimpinan dipilih dan dilantik untuk masa jabatan
satu semester. Program keseharian para santri, juga dibawah komando ketua bidang, yang mendapat mandat dari ketua dan konfirmasi dari pimpinan pondok pesantren Khatamun Nabiyyin.
Seperti pembagian tugas, pada bidang bahasa untuk skill bahasa arab, bidang kerumahtangaan untuk pengaturan logistik, bidang kerohanian untuk fasilitas spritualitas, bidang keamanan untuk mengatur dan menghukum, bidang pers dan media untuk publikasi informasi dan bidang kebersihan untuk kenyamanan dan keindahan lingkungan pesantren.
Semua dibawah kontrol program organisasi Pensil dan dibantu dari Keuangan dan aset PENSIL dikelola dengan prinsip transparansi, bertanggungjawab, efektif, efesien, dan berkesinambungan. Keuangan dan aset PENSIL diperoleh dari iuran anggota, sumbangan alumni, donatur, dan simpatisan serta usaha-usaha yang halal.