Koperasi simpan pinjam pesantren Khatamun nabiyyin merupakan salah satu badan otonom, berkegiatan fokus pada perputaran ekonomi di lingkup pesantren, demi terwujudnya kemandirian yang tangguh berlandaskan amanah dalam membangun ekonomi bersama dalam keadilan.
Pada awalnya, koperasi pesantren sudah berdiri sejak angkatan ke-2 santri marhalah Al-Mujtaba’, namun masih dikelola oleh santri, tergabung dalam organisasi Pensil dan Isyqi, sampai pada angkatan ke-5 Al-Baqir, selanjutnya dikelola oleh pesantren dengan modal para Asatidz dan Asatidzah serta para santri.
Kegiatan koperasi diharapkan sirkulasi ekonomi tidak merembet keluar, pemberdayaan santri bekerjasama dalam menguatkan pendapatan belanja. seluruh keperluan santri disediakan oleh koperasi, seperti alat tulis, segala jenis makanan dan minuma, pakaian, peralatan mandi/mencuci, bahkan juga buku-buku pelajaran pesantren.
Koperasi, juga mengajak seluruh warga pesantren untuk menjadi anggota langganan, bersama, serta beri’tikad baik dalam membangun ekonomi pesantren secara gotong-royong dalam bentuk koperasi simpan pinjam. memobilisasi permodalan, kemudian disalurkan ke seluruh santri. terwujudnya pembangunan ekonomi yang menunjang pelaksanaan kegiatan usaha secara aktif, kreatif dan inovatif.