Regenerasi atau pembaharuan merupakan sebuah kelaziman dalam seleksi alam. Karena setiap perkembangan zaman menuntut setiap individu ataupun elemen masyarakat untuk melakukan perubahan. Maka dari itu pada Hari Minggu (19/09) Pesantren khatamun Nabiyyin melaksanakan Rapat Akbar tahun ajaran 2021-2022 dengan tema “Presentasi Program dan Penyerahan SK Pembina dan Pengurus Pesantren Khatamun Nabiyyin”. Rapat ini bertujuan untuk meregenerasi kepengurusan Pesantren Khatamun Nabiyyin yang telah berjalan selama satu dekade sekaligus mengevaluasi sistem dan program yang telah berjalan di dalamnya.
Rapat ini juga dihadiri langsung oleh pimpinan sekaligus pengasuh Pesantren Khatamun Nabiyyin Kiai Akbar saleh, B. A. Untuk memudahkan pimpinan dalam menjalankan roda organisasi lembaga pesantren ini, maka dalam rapat ini ditetapkan empat wakil pimpinan yang membawahi beberapa bagian lainnya. Setiap bagian dikoordinir oleh masing-masing wakil pimpinan. Dalam setiap bagian juga terdapat ketua dan pengurus pelaksanaan harian yang bertugas menjalankan kegiatan harian yang berlangsung.
Wakil pimpinan yang pertama adalah Ustadz Ajid Salim, S. Pd yang membawahi bagian Khatam Tarbawi, Aset dan Maintanance dan Keamanan. Wakil pimpinan yang kedua adalah Ustadz Usman Saleh La Ede, S. E yang membawahi bagian Akademik, Administrasi dan Tata Usaha, dan Media dan Publikasi. Wakil pimpinan ketiga adalah Ustadzah Suluki Mahbubah, Lc yang membawahi bagian keuangan, Khatam Qurani, keputrian dan kerumahtanggaan. Wakil pimpinan yang ke empat adalah ustadz Anwar Nasihin yang membawahi bagian Khatam Lughawi, Khatam institute dan BP2M. Rapat ini berjalan dengan khidmat dan tertib dan diakhiri dengan penyerahan SK oleh pimpinan Pesantren Khatamun Nabiyyin kiai Akbar Saleh kepada masing-masing wakil pimpinan.